Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP4CQ96CF2 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP4CQ96CF2 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms