Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
USF3Q68DE3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USF3Q68DE3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USF3Q68DE3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms