Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXA4Q00056 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXA4Q00056 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms