Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
TIMP3P35625 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
TIMP3P35625 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms