Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSX2P35548 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSX2P35548 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSX2P35548 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSX2P35548 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSX2P35548 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX2P35548 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX2P35548 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSX2P35548 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSX2P35548 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX2P35548 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX2P35548 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX2P35548 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSX2P35548 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX2P35548 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX2P35548 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSX2P35548 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
MSX2P35548 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
MSX2P35548 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
MSX2P35548 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSX2P35548 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSX2P35548 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSX2P35548 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
MSX2P35548 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms