Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHMT1P34896 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHMT1P34896 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
SHMT1P34896 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHMT1P34896 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms