Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC42.01■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.01■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC41.99■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC41.99■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.99■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC41.98■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.98■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.98■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC41.98■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC41.97■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC41.97■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC41.96■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC41.95■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.94■■■■■ 4.31
CCDC88BA6NC98 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.94■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.92■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC41.91■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC41.91■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC41.91■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC41.9■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC41.9■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC41.9■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.89■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC41.89■■■■■ 4.3
CCDC88BA6NC98 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC41.88■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC41.87■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.86■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.86■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.86■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC41.85■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC41.85■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC41.85■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.85■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC41.85■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.83■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC41.83■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC41.83■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC41.82■■■■■ 4.29
CCDC88BA6NC98 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.81■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC41.81■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC41.81■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC41.8■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.8■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC41.79■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC41.78■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC41.77■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC41.77■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC41.76■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC41.76■■■■■ 4.28
CCDC88BA6NC98 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC41.76■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC41.75■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.75■■■■■ 4.27
CCDC88BA6NC98 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC41.74■■■■■ 4.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms