Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS4AQ9UN37 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms