Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms