Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms