Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms