Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPHP3Q7Z494 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms