Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
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