Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms