Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms