Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 FMO5-201ENST00000254090 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms