Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 FN1-202ENST00000336916 8435 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-224ENST00000560787 2834 ntTSL 212.64□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IGSF11-204ENST00000441144 1952 ntTSL 2 BASIC12.63□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-206ENST00000467535 2602 ntTSL 212.62□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP13A2-203ENST00000452699 3981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-204ENST00000418653 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)12.62□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCMH1-217ENST00000498793 583 ntTSL 312.62□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LRMP-210ENST00000554942 785 ntTSL 412.6□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LRMP-209ENST00000554272 846 ntTSL 512.6□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARIH2-212ENST00000465217 588 ntTSL 512.6□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS33B-201ENST00000333371 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LBHD1-209ENST00000528862 403 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.59□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-215ENST00000471303 2423 ntTSL 512.57□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC5A6-212ENST00000461319 598 ntTSL 312.57□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYL6B-211ENST00000553066 1305 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.57□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SUMF1-207ENST00000470751 2344 ntTSL 212.56□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP6V1E2-206ENST00000524249 857 ntTSL 512.56□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-209ENST00000488642 2413 ntTSL 212.56□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNM3-208ENST00000627582 7625 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF34-210ENST00000557402 431 ntTSL 312.54□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC7B-215ENST00000557766 708 ntTSL 312.54□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP1G1-222ENST00000570297 604 ntTSL 412.53□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYL6B-207ENST00000550443 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYL6B-210ENST00000552568 703 ntTSL 5 BASIC12.53□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZC3HC1-202ENST00000358303 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP2-226ENST00000576364 542 ntTSL 512.52□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX27-201ENST00000371764 2643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC45A3-201ENST00000367145 3341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-210ENST00000432589 210 ntTSL 312.5□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZSCAN25-208ENST00000481424 5722 ntTSL 1 (best)12.5□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-216ENST00000589210 4751 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-218ENST00000614302 3751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-203ENST00000534877 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRA2-208ENST00000515804 1298 ntTSL 312.48□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFA3-208ENST00000422029 694 ntTSL 312.48□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GLCCI1-212ENST00000496617 538 ntTSL 512.48□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SOCS6-201ENST00000397942 5848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZCCHC17-203ENST00000479629 761 ntTSL 212.47□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GDPD5-205ENST00000527322 1000 ntTSL 1 (best)12.47□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-250ENST00000639054 2254 ntTSL 512.46□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-212ENST00000441639 5967 ntTSL 5 BASIC12.46□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LBHD1-205ENST00000524759 579 ntTSL 412.46□□□□□ -0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABI1-203ENST00000376137 3467 ntTSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP13A2-201ENST00000326735 3840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC110285.1-201ENST00000572077 665 ntTSL 3 BASIC12.45□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC099489.1-203ENST00000598234 10568 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.45□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-211ENST00000520950 564 ntTSL 412.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-227ENST00000627548 886 ntTSL 512.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-216ENST00000599146 745 ntTSL 512.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-213ENST00000590135 1763 ntTSL 212.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-202ENST00000374051 3913 ntTSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-222ENST00000583085 3685 nt12.44□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-206ENST00000359671 8524 ntTSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-211ENST00000508213 558 ntTSL 412.43□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-244ENST00000635501 1290 ntTSL 212.42□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-220ENST00000625171 830 ntTSL 512.41□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-202ENST00000367988 2708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.41□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STEAP1B-202ENST00000406890 1193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-213ENST00000508569 1882 ntTSL 5 BASIC12.4□□□□□ -0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-203ENST00000518247 554 ntTSL 412.39□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-219ENST00000592559 645 ntTSL 512.39□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-201ENST00000278174 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-211ENST00000608369 961 ntTSL 5 BASIC12.38□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-210ENST00000528149 987 ntTSL 312.38□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-202ENST00000311028 3655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.38□□□□□ -0.431e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 CTNNA1-234ENST00000522227 642 ntTSL 312.36□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TAOK2-201ENST00000279394 4246 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VILL-203ENST00000412008 813 ntTSL 312.35□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-223ENST00000524131 721 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXO25-201ENST00000276326 2104 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC046185.1-201ENST00000580553 2128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARHGAP1-204ENST00000526423 1377 ntTSL 1 (best)12.32□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYTH1-210ENST00000589297 3756 ntTSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZC3HC1-201ENST00000311873 2017 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLRP2-219ENST00000588619 593 ntTSL 512.3□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AKT2-226ENST00000497948 456 ntTSL 312.29□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-239ENST00000638762 2580 ntTSL 512.29□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTYH3-203ENST00000403167 4263 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LVRN-201ENST00000357872 4581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLUHP3-207ENST00000563678 1303 ntBASIC12.27□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-205ENST00000426344 2403 ntAPPRIS ALT2 TSL 212.27□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARAP1-213ENST00000536993 315 ntTSL 212.26□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MCAM-201ENST00000264036 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 B4GALT3-207ENST00000470882 3178 ntTSL 512.26□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-208ENST00000635758 3035 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-205ENST00000526700 1978 ntTSL 512.26□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-204ENST00000558376 1883 ntTSL 512.25□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UBE3D-206ENST00000505226 3255 ntTSL 1 (best)12.24□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK494-205ENST00000525510 559 ntTSL 412.23□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB11FIP3-203ENST00000434585 3550 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.23□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC7B-206ENST00000555005 2730 ntTSL 212.22□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KANSL3-209ENST00000448075 701 ntTSL 512.21□□□□□ -0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-219ENST00000594792 702 ntTSL 312.2□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-202ENST00000378975 747 ntTSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-203ENST00000412391 904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.2□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADTRP-202ENST00000379415 991 ntTSL 512.19□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-204ENST00000473995 791 ntTSL 212.19□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTOV1-AS1-202ENST00000600742 3181 ntTSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-243ENST00000635494 568 ntTSL 412.18□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LVRN-202ENST00000395528 4544 ntTSL 5 BASIC12.18□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
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