Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms