Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms