Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD4P09016 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXD4P09016 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms