Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms