Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms