Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms