Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.6 ms