Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms