Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
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