Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC54Q8NEL0 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms