Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
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