Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 FAM32A-204ENST00000588367 798 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 Z82214.1-201ENST00000419643 988 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A3P12111 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms