Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms