Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms