Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms