Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ZNF540Q8NDQ6 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms