Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CUX1P39880 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms