Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP4Q8N3C7 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP4Q8N3C7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms