Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC40Q4G0X9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC40Q4G0X9 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms