Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
SCN1BQ07699 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 153.2 ms