Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.131e-10■■■■□ 24.2
U2AF1Q01081 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.961e-10■■■■□ 24.2
U2AF1Q01081 TRIM27-205ENST00000481474 7006 ntTSL 1 (best)14.39□□□□□ -0.111e-10■■■■□ 24.2
U2AF1Q01081 STRN3-208ENST00000556577 514 ntTSL 510.35□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 24.2
U2AF1Q01081 CLTC-202ENST00000393043 5292 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.189e-7■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 CLTC-215ENST00000621829 8587 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.17□□□□□ -0.149e-7■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 CLTC-201ENST00000269122 7760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.87□□□□□ -0.839e-7■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 CLTC-210ENST00000579456 2301 ntTSL 5 BASIC8.53□□□□□ -1.049e-7■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 CLTC-207ENST00000483176 760 ntTSL 36.38□□□□□ -1.399e-7■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.14e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.724e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-204ENST00000535501 921 ntTSL 217.66■□□□□ 0.424e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-212ENST00000544341 945 ntTSL 315.86■□□□□ 0.134e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-209ENST00000540536 883 ntTSL 311.7□□□□□ -0.544e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-207ENST00000538761 886 ntTSL 39.52□□□□□ -0.894e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-205ENST00000536197 879 ntTSL 28.52□□□□□ -1.054e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 WASHC3-211ENST00000542923 477 ntTSL 38.13□□□□□ -1.114e-6■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 ACIN1-217ENST00000555566 734 ntTSL 316.03■□□□□ 0.161e-8■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 ACIN1-218ENST00000555807 928 ntTSL 213.14□□□□□ -0.311e-8■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 ACIN1-220ENST00000557039 727 ntTSL 312.88□□□□□ -0.351e-8■■■■□ 24.1
U2AF1Q01081 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.884e-8■■■■□ 24
U2AF1Q01081 TEAD1-202ENST00000525312 1134 ntTSL 1 (best)16.39■□□□□ 0.214e-8■■■■□ 24
U2AF1Q01081 TEAD1-207ENST00000638666 1281 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.074e-8■■■■□ 24
U2AF1Q01081 TEAD1-205ENST00000527575 3063 ntTSL 5 BASIC8.51□□□□□ -1.054e-8■■■■□ 24
U2AF1Q01081 TEAD1-201ENST00000334310 3075 ntTSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.084e-8■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.763e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.593e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-203ENST00000396091 2419 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-205ENST00000414522 2450 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.513e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-201ENST00000292246 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.33e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 ANO10-212ENST00000448045 583 ntTSL 310.42□□□□□ -0.743e-6■■■■□ 24
U2AF1Q01081 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.922e-8■■■■□ 23.9
U2AF1Q01081 RCL1-206ENST00000442869 1644 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.272e-8■■■■□ 23.9
U2AF1Q01081 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.525e-14■■■■□ 23.9
U2AF1Q01081 ARRB1-202ENST00000420843 3336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.455e-14■■■■□ 23.9
U2AF1Q01081 CDC42BPA-203ENST00000366766 10610 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.015e-7■■■■□ 23.8
U2AF1Q01081 CDC42BPA-202ENST00000366764 10445 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.035e-7■■■■□ 23.8
U2AF1Q01081 CDC42BPA-205ENST00000366769 10855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.275e-7■■■■□ 23.8
U2AF1Q01081 CDC42BPA-204ENST00000366767 9320 ntTSL 1 (best) BASIC6.77□□□□□ -1.335e-7■■■■□ 23.8
U2AF1Q01081 CDC42BPA-201ENST00000334218 10134 ntTSL 5 BASIC6.52□□□□□ -1.375e-7■■■■□ 23.8
U2AF1Q01081 HBS1L-204ENST00000367826 2703 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.386e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 HBS1L-205ENST00000367837 7163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.676e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 HBS1L-206ENST00000415177 2636 ntTSL 5 BASIC8.82□□□□□ -16e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 HBS1L-212ENST00000527578 2618 ntTSL 1 (best) BASIC8.42□□□□□ -1.066e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 HBS1L-216ENST00000533274 2102 ntTSL 28.18□□□□□ -1.16e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 HBS1L-209ENST00000526100 1600 ntTSL 26.53□□□□□ -1.366e-8■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 ABCC3-214ENST00000513745 898 ntTSL 520.92■□□□□ 0.945e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 BRD2-208ENST00000464592 1590 ntTSL 514.38□□□□□ -0.118e-15■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.895e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.515e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.435e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.235e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 MC1R-201ENST00000539976 2464 ntTSL 517.35■□□□□ 0.373e-7■■■■□ 23.7
U2AF1Q01081 TBCK-208ENST00000503832 865 ntTSL 55.39□□□□□ -1.551e-7■■■■□ 23.6
U2AF1Q01081 TBCK-209ENST00000505574 282 ntTSL 45□□□□□ -1.611e-7■■■■□ 23.6
U2AF1Q01081 RN7SL2-201ENST00000490232 300 ntBASIC17.19■□□□□ 0.344e-21■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 AL627171.2-202ENST00000634923 923 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.324e-21■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 AL627171.2-201ENST00000635177 1090 ntTSL 5 BASIC12.25□□□□□ -0.454e-21■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 HMGCR-201ENST00000287936 4585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.349e-7■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 HMGCR-202ENST00000343975 3681 ntTSL 1 (best) BASIC10.82□□□□□ -0.689e-7■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 HMGCR-209ENST00000511206 3395 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.989e-7■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.727e-8■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.727e-8■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 ABCC1-205ENST00000574224 1543 ntTSL 1 (best)15.89■□□□□ 0.137e-8■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 ABCC1-204ENST00000572882 4565 ntTSL 1 (best)12.61□□□□□ -0.397e-8■■■■□ 23.5
U2AF1Q01081 RHAG-201ENST00000229810 1283 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.159e-20■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 RHAG-203ENST00000618248 1203 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.379e-20■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 RHAG-202ENST00000371175 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.449e-20■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.083e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-207ENST00000465947 793 ntTSL 523.96■■□□□ 1.436e-12■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-226ENST00000631619 2457 ntTSL 522.95■■□□□ 1.263e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-222ENST00000479596 883 ntTSL 320.14■□□□□ 0.816e-12■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.743e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-217ENST00000476367 1603 ntTSL 1 (best)19.22■□□□□ 0.673e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-212ENST00000470121 1889 ntTSL 1 (best)18.24■□□□□ 0.513e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-219ENST00000477127 1464 ntTSL 517.76■□□□□ 0.433e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-216ENST00000475298 2362 ntTSL 1 (best)16.59■□□□□ 0.253e-15■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CCNL1-220ENST00000478454 580 ntTSL 44.98□□□□□ -1.616e-12■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CD46-215ENST00000488596 872 ntTSL 34.17□□□□□ -1.742e-11■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CD46-210ENST00000462968 473 ntTSL 33.75□□□□□ -1.812e-11■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 CD46-219ENST00000636114 2098 ntTSL 53.27□□□□□ -1.892e-11■■■■□ 23.4
U2AF1Q01081 ZRANB2-207ENST00000611683 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.062e-13■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-203ENST00000473260 482 ntTSL 27.68□□□□□ -1.182e-13■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-205ENST00000479947 470 ntTSL 26.5□□□□□ -1.372e-13■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-206ENST00000487510 579 ntTSL 26□□□□□ -1.452e-13■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-207ENST00000513231 871 ntTSL 1 (best)32.11■■■□□ 2.737e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 R3HDM2-208ENST00000448732 195 ntTSL 1 (best)31.1■■■□□ 2.577e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AP1AR-205ENST00000510527 1044 ntTSL 1 (best)30■■■□□ 2.397e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-205ENST00000585913 833 ntTSL 328.98■■■□□ 2.237e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.147e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CR1L-204ENST00000530905 930 ntTSL 528.36■■■□□ 2.137e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-209ENST00000586555 716 ntTSL 227.55■■■□□ 27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-206ENST00000510934 589 ntTSL 226.88■■□□□ 1.897e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.87e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-220ENST00000588917 1087 ntTSL 226.11■■□□□ 1.777e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.637e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.637e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.587e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-245ENST00000621399 1044 ntTSL 1 (best)24.85■■□□□ 1.577e-7■■■■□ 23.3
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 47.5 ms