Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTCFP49711 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTCFP49711 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTCFP49711 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTCFP49711 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTCFP49711 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTCFP49711 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTCFP49711 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTCFP49711 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTCFP49711 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CTCFP49711 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CTCFP49711 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTCFP49711 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTCFP49711 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTCFP49711 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTCFP49711 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CTCFP49711 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CTCFP49711 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CTCFP49711 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTCFP49711 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CTCFP49711 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTCFP49711 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTCFP49711 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTCFP49711 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CTCFP49711 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CTCFP49711 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CTCFP49711 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTCFP49711 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CTCFP49711 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTCFP49711 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CTCFP49711 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTCFP49711 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CTCFP49711 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTCFP49711 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTCFP49711 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTCFP49711 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTCFP49711 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTCFP49711 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CTCFP49711 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTCFP49711 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTCFP49711 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
CTCFP49711 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTCFP49711 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CTCFP49711 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CTCFP49711 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CTCFP49711 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CTCFP49711 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTCFP49711 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTCFP49711 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTCFP49711 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTCFP49711 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTCFP49711 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CTCFP49711 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTCFP49711 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTCFP49711 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CTCFP49711 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CTCFP49711 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CTCFP49711 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CTCFP49711 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11 ms