Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TNFRSF4P43489 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TNFRSF4P43489 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TNFRSF4P43489 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TNFRSF4P43489 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms