Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL5A1P20908 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms