Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIG1P18858 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIG1P18858 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIG1P18858 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIG1P18858 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG1P18858 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG1P18858 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG1P18858 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIG1P18858 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIG1P18858 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIG1P18858 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
LIG1P18858 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG1P18858 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG1P18858 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG1P18858 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIG1P18858 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIG1P18858 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIG1P18858 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIG1P18858 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIG1P18858 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIG1P18858 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG1P18858 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG1P18858 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG1P18858 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG1P18858 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIG1P18858 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIG1P18858 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIG1P18858 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIG1P18858 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIG1P18858 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG1P18858 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG1P18858 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG1P18858 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG1P18858 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIG1P18858 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIG1P18858 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIG1P18858 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG1P18858 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG1P18858 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG1P18858 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIG1P18858 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms