Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LDLRP01130 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LDLRP01130 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LDLRP01130 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LDLRP01130 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LDLRP01130 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDLRP01130 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDLRP01130 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDLRP01130 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDLRP01130 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LDLRP01130 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDLRP01130 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDLRP01130 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDLRP01130 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDLRP01130 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDLRP01130 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LDLRP01130 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDLRP01130 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDLRP01130 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDLRP01130 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDLRP01130 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms