Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LDB3O75112 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB3O75112 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB3O75112 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LDB3O75112 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LDB3O75112 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LDB3O75112 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LDB3O75112 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LDB3O75112 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LDB3O75112 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LDB3O75112 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LDB3O75112 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LDB3O75112 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LDB3O75112 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LDB3O75112 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LDB3O75112 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LDB3O75112 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LDB3O75112 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LDB3O75112 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LDB3O75112 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LDB3O75112 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LDB3O75112 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LDB3O75112 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.1 ms