Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP3Q96DZ5 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms