Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
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