Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms