Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms