Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF516-201ENST00000443185 8118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 DHX36-213ENST00000496811 6733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC54Q8NEL0 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms