Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS29Q9UBQ0 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms